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||| BIG DATA / HPC

Accélérer le séquençage génomique avec le Big Data et le HPC

Le 21 juillet 2014 par Pierre Picard

Ensemble du matériel génétique d’un individu, le génome est souvent comparé à une encyclopédie dont les différents volumes seraient les chromosomes. Les gènes seraient les phrases contenues dans ces volumes. La recherche génomique gère donc des quantités massives de données qui nécessitent une grande capacité de calcul et de stockage, à laquelle le calcul intensif biomédical est la réponse. En éliminant les goulots d’étranglement survenant dans l’analyse des données et en stockant ces données efficacement, le séquençage massif devient possible.

« Le défi génomique est tel, explique Ivo G. Gut, directeur du CNAG, qu’il ne peut être relevé avec le calcul traditionnel. La solution n’est pas non plus d’augmenter le nombre de séquenceurs. La clé réside dans l’équilibre entre le séquençage et le calcul intensif. » Et d’ajouter « Il ne s’agit pas uniquement d’augmenter la capacité de séquençage avec l’acquisition de nouvelles machines, mais de concevoir de A à Z les infrastructures de calcul adéquates, avec l’aide d’un partenaire technologique riche de son expérience dans le domaine de la génomique. Il est également essentiel de choisir une infrastructure flexible, qui pourra croître sans limites, avec les projets de génomique. »
Un défi majeur : La mise en œuvre complète de la génomique dans les systèmes de santé publique
« La mise en œuvre complète de la génomique dans les systèmes de santé publique passe par la résolution de certaines difficultés scientifiques et technologiques. Ce sont ces défis technologiques que Bull s’est donné pour mission de relever grâce à ses capacités de calcul intensif » indique Natalia Jiménez, Conseillère Santé et science de la vie chez Bull.

En savoir plus : communiqué CNAG&Bull

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