Twitter Facebook Google Plus Linkedin email Imprimer Pdf

||| BIG DATA / CLOUD / HPC

Le docteur et l’astrophysicien

Le 13 mai 2014 par Laurent Alexandre, chirurgien urologue, président de DNAVision, auteur de "La mort de la mort" (éditions J-C Lattes)

Le traitement du cancer est piloté par une équipe pluridisciplinaire constituée de médecins, chirurgiens, radiothérapeutes, radiologues, biologistes et anatomo-pathologistes. Ces derniers ont un rôle méconnu mais important. En observant la tumeur au microscope, ils déterminent les caractéristiques des cellules et les limites du tissu cancéreux. Ce classement est capital dans les choix thérapeutiques.

Nous observons en ce moment la mutation accélérée de ce métier. Les anatomo-pathologistes qui ont passé leur vie, penchés sur leur microscope, à observer les cellules, doivent affronter le déferlement des données génétiques sur les tumeurs.

Un premier congrès international consacré à cette métamorphose de l’anatomo-pathologie s’est récemment tenu à Paris à l’initiative du professeur Jean-Christophe Fournet. La tendance à classer les tumeurs davantage en fonction de leur profil génétique que de leur aspect au microscope s’accentue avec la démocratisation du séquençage de l’ADN. Par exemple, les cancers du sein sont déjà subdivisés en dizaines de groupes selon leur signature génétique, ce qui permet d’adapter les thérapies. Trois Français ont particulièrement participé à cette approche personnalisée du cancer : Pierre Laurent-Puig pour les tumeurs du côlon, Olivier Cussenot pour la prostate et Fabrice André pour le sein.

Dès à présent, les centres anticancéreux de pointe séquencent la totalité des 3 milliards de bases chimiques de l’ADN tumoral de chaque patient grâce à la baisse de 50 % du coût du séquençage tous les cinq mois. Demain, une carte d’identité génétique synthétisera les milliers de mutations de l’ADN tumoral pour sélectionner des cocktails sur mesure de médicaments ciblant les caractéristiques propres de ce cancer, et chaque cancéreux bénéficiera d’un traitement totalement personnalisé.

Cette révolution est le fruit du croisement de la génomique et de l’informatique. L’explosion de la puissance informatique suit toujours la loi énoncée en 1965 par Gordon Moore, l’un des fondateurs d’Intel, selon laquelle la puissance des microprocesseurs double à coût constant tous les dix-huit mois. Ainsi, Xeon Phi, la nouvelle puce électronique d’Intel, réalise plus de 1000 milliards d’opérations par seconde ! Mise au service de la génomique, cette puissance accrue permet une lecture de plus en plus complète de l’ADN.

Les pathologistes sont confrontés à une véritable« tempête numérique »: ils doivent interpréter des milliers de milliards d’informations pour classer chaque tumeur, alors que l’ensemble des données concernant un patient tenaient jusqu’à présent sur une feuille Excel. Ce déluge de données les rapproche davantage des astrophysiciens ou des spécialistes de physique nucléaire que du traditionnel pathologiste. Comment une profession peut-elle s’adapter à une mutation aussi brutale ? Les pathologistes et les cancérologues vont-ils devoir outsourcer (« externaliser ») leur cerveau dans ce qu’on nomme le cloud computing, c’est-à-dire confier la décision aux gigantesques bases de données installées dans l’informatique dématérialisée ? Il semble en tout cas difficile qu’un médecin puisse apprendre par cœur les 100 000 mutations génétiques découvertes chaque jour qui alimentent les bases de données en flux continu. Il devient urgent que les spécialistes du cancer observent comment les astrophysiciens gèrent les exabytes (milliards de milliards de données) qu’ils produisent. Sinon, le pouvoir médical risque de changer de mains.

Laurent Alexandre

Laurent Alexandre est chirurgien urologue, président de DNAVision, auteur de “La mort de la mort” (éditions J-C Lattes) – l.alexandre at dnavision.be

Source : D’après un article original paru dans LE MONDE SCIENCE ET TECHNO le 24 janvier 2012.
Photo iStock

Laisser un commentaire

Votre adresse de messagerie ne sera pas publiée. Les champs obligatoires sont indiqués avec *

*