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Big Data pour le séquençage de l’ADN

Publié le 28 mars 2012 par Pierre Picard

Le Centre Hospitalier Universitaire de Leiden (LUMC, pour Leids Universitair Medisch Centrum) aux Pays-Bas a retenu Bull pour l’aider à concevoir un environnement de stockage Big Data.
Disséquer et séquencer l’ADN humain relève du calcul intensif sur des volumes de données gigantesques.  Tout être humain a environ trois millions de séquences ADN, qui doivent toutes être découvertes, vérifiées et traitées. Pour ce type de recherche, la puissance de calcul et la rapidité des entrées/sorties sont cruciale pour atteindre les résultats escomptés dans un délai suffisant. Le Leids Universitair Medisch Centrum (LUMC) a retenu Bull pour l’aider à concevoir un environnement de stockage Big Data pour répondre à ces exigences.

Après un processus de sélection vaste et complexe, dans lequel Bull a aidé LUMC dans la recherche, la conception et les phases de tests de la meilleure architecture de stockage : le système de stockage Isilon, maintenant partie intégrante de EMC a été retenu. Isilon jouit d’une solide réputation dans la recherche médicale, en raison de ses performances sur le débit des données. La capacité et la performance étaient des critères essentiels dans le processus de sélection. Cependant, LUMC avait retenu deux autres critères majeurs pour eux : la flexibilité et la gestion. Isilon remplissait aussi ces conditions, ce qui permet à LUMC de créer et de gérer des ensembles de données de plus d’un pétaoctet.

Bull and LUMC ont déployé le cluster Isilon, qui se compose de quatre nœuds 72NL séries. Cette configuration permet à LUMC d’adresser près de200 TB de capacité de stockage. En utilisant les logiciels SnapshotIQ et SmartConnect pour l’équilibrage de charge et le basculement automatique en cas de panne (failover), LUMC est assuré de la redondance complète et de la récupération de ses données. L’environnement complet est géré par OneFS, une suite intégrée d’Isilon. Pour LUMC, le principal avantage du système de stockage d’Isilon est que les chercheurs disposent désormais d’un environnement de stockage qui correspond totalement aux besoins et aux exigences de leurs travaux sur l’ADN.

 

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